Программы магистерской подготовки ориентированы на обеспечение специализированной фундаментальной подготовки научно-педагогических кадров и повышение качества специализированной прикладной подготовки кадров для широкого спектра видов профессиональной деятельности.

Цель магистерских программ - подготовка специалистов высокой квалификации, умеющих практически применять систему научных знаний и навыков научно-исследовательской работы в образовательной сфере деятельности.

Магистерские программы в УГПИ впервые были введены в 2008 году, когда была получена лицензия на право ведения образовательной деятельности по подготовке магистров по направлению «Социально-экономическое образование». Разработка документов для лицензирования проводилась под руководством Д.В. Лихарева, доктора исторических наук, профессора и К.Т. Тихого, доктора исторических наук, профессора.

На кафедре политологии, культурологии и истории под руководством С.В. Пишуна, доктора философских наук, профессора и С.И. Максименко, кандидата исторических наук, доцента была разработана образовательная программа по направлению «Социально-экономическое образование», профиль «Национально-этническое образование». В 2008 г. был сделан первый набор магистрантов.

В 2009 г. под руководством А.М. Антиповой, доктора педагогических наук, профессора было лицензировано направление подготовки магистров «Филологическое образование», профиль «Литературное образование». В этом же году сделан первый набор магистрантов.

В ноябре 2009 г. получена лицензия на право ведения образовательной деятельности по новым направлениям подготовки магистров: «Естественнонаучное образование», «Физико-математическое образование», «Художественное образование». Набор магистрантов планируется начать с 2010 г.